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在光合作用中，氯作為錳的輔助因子參與水的光解反應(yīng)。水光解反應(yīng)是光合作用最初的光化學(xué)反應(yīng)，氯的作用位點(diǎn)在光系統(tǒng)II。研究工作表明，在缺氯條件下，植物細(xì)胞的增殖速度降低，葉面積減少，生長(zhǎng)量明顯下降（大約60%），但氯并不影響植物體中光合速率。由此可見(jiàn)，氯對(duì)水光解放O₂反應(yīng)的影響不是直接作用，氯可能是錳的配合基，有助于穩(wěn)定錳離子，使之處于較高的氧化狀態(tài)。氯不僅為希爾反應(yīng)放O₂所必需，它還能促進(jìn)光合磷酸化作用。

氯對(duì)氣孔的開(kāi)張和關(guān)閉有調(diào)節(jié)作用。當(dāng)某些植物葉片氣孔開(kāi)張時(shí)，K⁺流入是由有機(jī)酸陰離子（主要是蘋(píng)果酸根）作為陪伴離子，這些離子在代謝過(guò)程中是靠消耗淀粉產(chǎn)生的；但是對(duì)某些淀粉含量不多的作物（如洋蔥），當(dāng)K⁺流入保衛(wèi)細(xì)胞時(shí)，由于缺少蘋(píng)果酸根則需由Cl^-作為陪伴離子。缺氯時(shí)，洋蔥的氣孔就不能自如地開(kāi)關(guān)，而導(dǎo)致水分過(guò)多地?fù)p失。由于氯在維持細(xì)胞膨壓、調(diào)節(jié)氣孔運(yùn)動(dòng)方面的明顯作用，從而能增強(qiáng)植物的抗旱能力。

以往人們了解較多的是原生質(zhì)上的H⁺-ATP酶，它受K⁺的激活。而在液泡膜上也存在有H⁺-ATP酶。與原生質(zhì)上的H⁺-ATP酶不同，這種酶不受一價(jià)陽(yáng)離子的影響，而專(zhuān)靠氯化物激活。該酶可以把原生質(zhì)中的H⁺轉(zhuǎn)運(yùn)到液泡內(nèi)，使液泡膜內(nèi)外產(chǎn)生pH梯度（胞液，pH>7；液泡，pH<<6）。缺氯時(shí)，植物根的伸長(zhǎng)嚴(yán)重受阻，這可能和氯的上述功能有關(guān)。因?yàn)槿甭葧r(shí)，影響活性溶質(zhì)滲入液泡內(nèi)，從而使根的伸長(zhǎng)受到抑制（Hagerh和Helrnle，1981）。無(wú)氯水